生物資訊學
Holcosus orcesi，即 Orcés 藍鞭尾蜥，是一種極危蜥蜴，特有於厄瓜多爾南部胡博內斯河上游流域。該物種僅分佈於半乾旱安第斯灌叢中的狹窄海拔帶內，是一個主要由低地類群構成的譜系中少數山地成員之一。在此，我們提出了 H. orcesi 的首個高質量參考基因組，該基因組利用 Oxford Nanopore Technologies 長讀長測序生成。
該組裝全長為 1.68 Gb，僅包含 91 條 contig，N50 為 76.2 Mb，BUSCO 完整度為 96.8%，使其成為迄今為止連續性和完整性最高的有鱗類基因組之一。結構註釋預測出 25,682 個基因，其中 85% 與已知蛋白質具有同源性，45% 被賦予基因本體論術語。重複元件佔基因組的 46.3%，其中 LINEs 為主要類別。
該基因組為未來針對 H. orcesi 及其他山地爬行動物的進化、比較基因組學和保護基因組學研究提供了基礎性資源，可支援對種群基因組學、局部適應以及孤立種群中基因組侵蝕的研究。通過擴展熱帶山地爬行動物的基因組代表性，這項工作有助於彌補全球生物多樣性基因組學中長期存在的系統發育和地理空白，併為 H. orcesi 及相關類群的循證保護奠定基礎。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.725226v1?rss=1
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