RNA-seq实验通常会鉴定出数千个差异表达基因，但要将这些结果转化为生物学见解和治疗假设，往往需要整合多种工具。现有的网络平台，如iDEP、NetworkAnalyst和GEPIA2，分别涵盖差异表达分析、网络可视化或TCGA查询等单个步骤，但缺乏一个从原始数据处理到临床与药理学解释的统一环境。
TransXplorer（https://www.transxplorer.org）是一个免费可用的网络平台，通过整合完整的RNA-seq分析工作流程来弥补这一局限性。该平台支持使用HISAT2或Salmon从原始FASTQ文件进行处理，也支持直接导入GEO数据集并自动处理元数据。差异表达分析通过DESeq2、edgeR和limma-voom实现，随后利用Bioconductor资源在超过1,800个物种中开展功能富集分析。
平台无需预先定义批次注释，即可利用PVCA、kBET和Silhouette指标的组合自动检测并校正批次效应。下游分析包括共表达网络构建（WGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用映射（STRING）、细胞类型去卷积，以及利用整合的DoRothEA和TFLink资源进行转录因子推断。该平台还通过DGIdb和OpenTargets将基因特征与候选药物关联起来，并支持跨TCGA队列开展生存分析以及肿瘤与正常组织比较。
在心脏内皮分化（GSE151427）和肾乳头状肾细胞癌（TCGA-KIRP）数据集上的应用表明，TransXplorer能够实现准确的批次校正、生物学上一致的通路富集、预期细胞类型比例的恢复，以及具有临床相关性的基因和候选药物的鉴定。TransXplorer可免费使用且无需登录。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.15.724657v1?rss=1
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