植物学
来自药用红豆杉的RNA-seq数据集对于研究紫杉醇生物合成至关重要。然而，显著的批次效应阻碍了跨研究数据分析。在此，我们汇编了来自三项研究、涵盖四种组织（树皮、叶、根、茎）的45个RNA-seq样本，并评估了35种预处理流程，这些流程结合了六种归一化策略和五种批次效应校正方法。采用无监督聚类方法（HCA、k-means、Grade-of-Membership），并使用Jaccard指数和调整兰德指数进行评估，结果显示批次效应去除效果存在显著差异。
对组织和项目标签进行监督分类（随机森林以及线性/径向SVM）表明，组织类型预测的准确性得到提高，突出了校正方法的有效性。经处理的数据促进了跨样本189个推定ABC转运蛋白的鉴定，其中6个与编码10-deacetylbaccatin-III-10β-O-acetyltransferase的基因表现出强相关性，该酶是紫杉醇生物合成途径中的关键酶。它们在叶和树皮中的高表达水平进一步支持其在紫杉醇生物合成过程中参与紫杉烷中间体转运的作用。
结构分析和分子对接进一步支持了这些候选者的筛选结果，而转录组排序与基于对接的优先级排序之间的一致性表明，这些转运蛋白可能参与紫杉烷中间体的识别、转运或外排。这些发现表明，在RNA-seq分析中，归一化和批次效应校正对于推动红豆杉属物种中的基因发现，以及更广泛地推动植物研究，具有重要意义。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.10.723993v1?rss=1
🏷️ RNA测序整合分析 批次效应校正 ABC转运蛋白 紫杉醇生物合成 红豆杉属 分子对接