生物信息学
来自同一单细胞的转录组学和蛋白质组学测量提供了互补信息，而这些信息无法仅由任一单一模态推断获得。然而，从单细胞裂解液中并行回收这两类分析物的方法仍然有限。在此，我们描述了一种工作流程：首先通过自动分配将单个细胞分离至最小化且与质谱兼容的裂解体积中，随后依次进行mRNA捕获和蛋白质上清液回收，再分别开展独立的下游处理。该方法与标准文库制备和数据非依赖采集蛋白质组学流程兼容，除单细胞分配平台外无需专用仪器。
我们在来自3个iBlastoid的67个单细胞上评估了该工作流程的性能。转录组测序在每个细胞中检测到的基因中位数为5375个，蛋白质组学分析在两种质谱平台上每个细胞鉴定到的蛋白质组中位数为2123个。与独立的单细胞蛋白质组学方案相比，加入mRNA提取步骤后，蛋白质组学深度的中位数降低了约11%（每个细胞的蛋白质组中位数为1,965，而对照为2,204），而每个细胞的平均鉴定数在不同工作流程之间保持相当（每个细胞分别为1,790和1,775个蛋白质组）。
对配对的转录本与蛋白质丰度进行直接比较得到的Spearman相关系数中位数为ρ ≈ 0.38；在对检测深度进行校正后，偏相关系数为0.067。
Nicholas Hartel和Rosa Viner是Thermo Fisher Scientific的员工
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.724921v1?rss=1
🏷️ 单细胞多组学 转录组学 蛋白质组学 质谱分析 配对分析