生物信息学
确定顺式调控元件（CREs）的活性对于构建基因调控模型和解释遗传变异至关重要。然而，现有方法往往缺乏足够的特异性，无法将活性调控与许可性染色质区分开来；缺乏检测不稳定增强子RNA的敏感性；或不具备对有限输入材料和原代细胞进行谱系分析所需的可扩展性。在此，我们引入了 nucCAGE，一种用于分析核内加帽RNA的转录起始位点（TSS）检测方法，以及 PRIME，一个用于从 TSS 数据中识别活性 CREs 的计算框架。
二者结合提高了对低丰度RNA的检测敏感性，并能够在多种情境下稳健地检测活性调控元件。在多个相互独立的功能和遗传学基准测试中，包括精细定位的 eQTL、ClinVar 变异、GWAS 位点以及经 CRISPRi 测试的元件，与当前最先进的方法相比，基于 nucCAGE 的 PRIME 预测实现了更高的召回率，同时保持了对表型相关变异的显著富集。将 PRIME 应用于 FANTOM5 数据集，构建了一个全面的、具细胞类型分辨率的活性 CRE 图谱，并重现了已知的组织—性状关系。
我们展示了如何利用该图谱提名潜在的因果非编码变异，将免疫细胞增强子调控与
J.M.E. 曾接收与本研究无关的 10x Genomics 材料，并曾从 GSK plc 和 Roche Genentech 获得演讲酬金。其余感谢您有意帮助传播 bioRxiv 的内容。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.11.724207v1?rss=1
🏷️ 顺式调控元件 转录起始位点 增强子RNA 基因调控 非编码变异 计算框架