分子生物學
全面理解擁擠的細胞核環境中蛋白質—核酸相互作用，對於闡明基因組功能至關重要。最先進的方法能夠提供基因組組織的最精細細節，但缺乏成像與測序模態的整合。我們提出了 OptiFoot，這是一種基於熒光的細胞內蛋白質—核酸相互作用記錄平台。OptiFoot 採用一種經工程化改造、序列非特異性的 N6-腺嘌呤甲基轉移酶，可將多種功能基團連接到 DNA 和 RNA 上。
當通過基因融合或抗體將其靶向至目標蛋白時，它會產生共價、高對比度的熒光足跡，這些足跡可通過超分辨顯微鏡進行可視化，並通過天然單分子 DNA 的光學圖譜分析進行解析，從而實現互補性的空間分析和基因組分析。為展示 OptiFoot 的多功能性，我們在人類細胞中對核纖層相關結構域、DNA 複製位點、CTCF 結合位點和組蛋白修飾進行了成像，並生成了相應的基因組圖譜。我們利用 OptiFoot 證明，大多數核孔蛋白 NUP153 與 DNA 的相互作用發生在核質中，而非核孔處。
G.L. 是描述 SiR 及其衍生物（EP2748173B1 和 US9346957B2）以及帶有延長活化基團的 AdoMet 類似物（US8008007B2）的專利共同發明人。R.G.、J.B. 和 G.L. 已提交一項專利申請，內容涉及 DNA N6-甲基轉移酶工程改造及其應用（EP25184857.8）。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724470v1?rss=1
🏷️ 蛋白質-核酸相互作用 DNA足跡記錄 超分辨顯微鏡 光學圖譜分析 表觀遺傳標記