生物資訊學
來自同一單細胞的轉錄組學和蛋白質組學測量提供了互補資訊，而這些資訊無法僅由任一單一模態推斷獲得。然而，從單細胞裂解液中並行回收這兩類分析物的方法仍然有限。在此，我們描述了一種工作流程：首先通過自動分配將單個細胞分離至最小化且與質譜兼容的裂解體積中，隨後依次進行mRNA捕獲和蛋白質上清液回收，再分別開展獨立的下游處理。該方法與標準文庫製備和數據非依賴採集蛋白質組學流程兼容，除單細胞分配平台外無需專用儀器。
我們在來自3個iBlastoid的67個單細胞上評估了該工作流程的性能。轉錄組測序在每個細胞中檢測到的基因中位數為5375個，蛋白質組學分析在兩種質譜平台上每個細胞鑑定到的蛋白質組中位數為2123個。與獨立的單細胞蛋白質組學方案相比，加入mRNA提取步驟後，蛋白質組學深度的中位數降低了約11%（每個細胞的蛋白質組中位數為1,965，而對照為2,204），而每個細胞的平均鑑定數在不同工作流程之間保持相當（每個細胞分別為1,790和1,775個蛋白質組）。
對配對的轉錄本與蛋白質丰度進行直接比較得到的Spearman相關係數中位數為ρ ≈ 0.38；在對檢測深度進行校正後，偏相關係數為0.067。
Nicholas Hartel和Rosa Viner是Thermo Fisher Scientific的員工
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📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.724921v1?rss=1
🏷️ 單細胞多組學 轉錄組學 蛋白質組學 質譜分析 配對分析