软腐果胶杆菌科细菌（soft rot Pectobacteriaceae, SRP）是经济上最重要的植物病原细菌之一，尤其以其在马铃薯生产中的危害而闻名。关于该病害传播流行病学的研究已持续近一个世纪，并已有若干方面被强调为可能的感染途径。然而，普遍认为该病害的主要来源是潜伏感染的母薯，但仍有若干参数会影响病害流行程度，包括受污染的设备、土壤水分状况以及温度。该病害的管理措施主要局限于卫生操作、干燥贮藏和种薯认证体系，但也有多项研究证明，噬菌体（phages）等生物防治因子是具有前景的工具。
尽管SRP对马铃薯生产危害严重，但目前对丹麦SRP的遗传多样性知之甚少，而且由于可获得的分离株数量有限，设计一种具有广泛效果的噬菌体鸡尾酒制剂的可能性也受到限制。本文描述了一项为期三年的田间研究，采用农业公民科学方法，由丹麦农户提供出现症状的马铃薯植株或块茎，并附带日期、地点、马铃薯品种和来源等元数据。通过将全基因组测序（Illumina和Nanopore）与元数据相结合，我们得以利用跨越三年采集的103个完整基因组，研究并监测该病害在全国范围内的流行病学传播。
在本研究中，我们提供了有关病害来源的流行病学证据，以及一组可作为病害早期干预生物防治工具的噬菌体。我们的结果揭示了多个分布于不同地点的克隆谱系群（SNPs < 20），这强烈表明其具有共同来源。共测试了17种果胶杆菌噬菌体，结果显示其可靶向超过80%的克隆谱系群。基于这些软腐分离株之间的克隆性，我们提出了一种可能性，即早期使用针对与软腐发生发展相关菌株的噬菌体进行干预，并结合监测项目以及定制化噬菌体偏好加以实施。
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