軟腐果膠桿菌科細菌（soft rot Pectobacteriaceae, SRP）是經濟上最重要的植物病原細菌之一，尤其以其在馬鈴薯生產中的危害而聞名。關於該病害傳播流行病學的研究已持續近一個世紀，並已有若干方面被強調為可能的感染途徑。然而，普遍認為該病害的主要來源是潛伏感染的母薯，但仍有若干參數會影響病害流行程度，包括受污染的設備、土壤水分狀況以及溫度。該病害的管理措施主要侷限於衛生操作、乾燥貯藏和種薯認證體系，但也有多項研究證明，噬菌體（phages）等生物防治因子是具有前景的工具。
儘管SRP對馬鈴薯生產危害嚴重，但目前對丹麥SRP的遺傳多樣性知之甚少，而且由於可獲得的分離株數量有限，設計一種具有廣泛效果的噬菌體雞尾酒製劑的可能性也受到限制。本文描述了一項為期三年的田間研究，採用農業公民科學方法，由丹麥農户提供出現症狀的馬鈴薯植株或塊莖，並附帶日期、地點、馬鈴薯品種和來源等元數據。通過將全基因組測序（Illumina和Nanopore）與元數據相結合，我們得以利用跨越三年採集的103個完整基因組，研究並監測該病害在全國範圍內的流行病學傳播。
在本研究中，我們提供了有關病害來源的流行病學證據，以及一組可作為病害早期干預生物防治工具的噬菌體。我們的結果揭示了多個分佈於不同地點的克隆譜系群（SNPs < 20），這強烈表明其具有共同來源。共測試了17種果膠桿菌噬菌體，結果顯示其可靶向超過80%的克隆譜系群。基於這些軟腐分離株之間的克隆性，我們提出了一種可能性，即早期使用針對與軟腐發生發展相關菌株的噬菌體進行干預，並結合監測項目以及定製化噬菌體偏好加以實施。
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