NovaClone:一种基于网络的条形码转基因整合克隆与亚克隆基因分型算法 2026年5月14日 0 199 生物信息学 单细胞谱系追踪技术正在为研究癌症、发育及其他背景下细胞群体的演化与分化提供全新而强有力的方法。任何此类分析的一个关键初始步骤,都是基于克隆层面的标记将细胞分组为克隆群体。不幸的是,克隆判定容易受到技术因素的影响,包括测序错误、缺失数据、多重体、背景噪声,以及无关克隆之间克隆条形码的意外共享(同形性)。我们提出了 NovaClone,这是一种用于层次化克隆判定的原理严谨的算法,广泛适用于... 克隆判定 单细胞谱系追踪 基因分型算法 条形码整合 网络分析 质量控制 Read more
古菌和单层膜细菌中F1趋化感受与古菌鞭毛系统的系统发育基因组耦联 2026年5月14日 0 161 进化生物学 古菌鞭毛相关运动性一直被视为古菌所独有,然而在绿弯菌门中获得的新发现促使我们以更广阔的视角重新审视这一问题。通过分析经筛选整理的约22,000个NCBI参考基因组,以及2,397个古菌基因组和226个编码古菌鞭毛的绿弯菌门基因组,本研究系统表征了古菌鞭毛基因座与趋化感受系统(CSS)类别的共分布特征。对3,727个F1型CheA蛋白进行最大似然系统发育分析显示,存在三个主要进化支,其中... F1型CheA 古菌鞭毛 水平基因转移 系统发育基因组学 绿弯菌门 趋化感受系统 Read more
体内造血祖细胞中髓系分化的起始与 S 期进程相协调 2026年5月14日 0 144 细胞生物学 造血过程能够大量产生多种不同的细胞类型。造血干细胞(HSC)如何在体内启动谱系分化尚不清楚。在本研究中,我们联合测量单个干细胞和祖细胞中的染色质可及性与转录组,揭示了细胞周期进程与分化起始之间的紧密相互作用。随着HSC向未定向多能祖细胞转变,细胞周期持续加速。在这些未定向祖细胞中,增殖激活之后,在S期发生髓系特异性染色质位点的开放,随后出现髓系基因表达。与S期偶联的髓系分化起始在应急性... HOXA9 单细胞转录组 染色质可及性 细胞周期S期 造血干细胞 髓系分化 Read more
MASCAF:一种用于拓扑复杂表面网格的缆线模型拟合流程 2026年5月14日 0 171 计算生物学 我们提出了一种免费且开源、半自动化、具有拓扑鲁棒性的流程,用于将电缆模型拟合到神经元膜的三维表面网格形态数据,尤其适用于具有复杂形状和拓扑孔洞的结构。这项工作的动机源于在仓鸮(Tyto alba,Tyto furcata)听觉空间特异性神经元上发现的一类形态复杂的神经棘突,称为环面棘突(toric spines),其显著特征包括高曲率、高分支密度以及孔洞/环路。 多隔室模拟软件要求将形... SWC格式 电缆模型拟合 神经元形态重建 神经模拟 表面网格 骨架化 Read more
NF1单个氨基酸变异作为HLA I类新抗原的大规模评估 2026年5月14日 0 140 免疫学 新抗原是由基因组改变产生的癌症特异性抗原。单氨基酸变异(Single Amino Acid Variants, SAAVs)构成了这类新抗原的主要类别。为了评估来源于神经纤维蛋白1(Neurofibromin 1, NF1)的SAAVs的治疗潜力——鉴于NF1在恶性脑肿瘤中经常发生突变——我们结合计算预测与实验验证,优先筛选出40个被判定为可与HLA-A*02:01结合的NF1 SAAVs... HLA-I呈递 NF1突变 新抗原 肽组学质谱 肿瘤免疫治疗 Read more
微生物群来源的吲哚-3-丙酸通过重塑肝脏线粒体代谢调控葡萄糖稳态 2026年5月14日 0 122 生物化学 肠道微生物群产生的代谢物可循环至宿主组织,并日益被认为与代谢健康密切相关;然而,单个微生物产物调控肝脏葡萄糖代谢的机制仍未得到充分界定。在本研究中,我们鉴定出色氨酸来源的微生物代谢物吲哚-3-丙酸(IPA)是肝糖生成的直接调节因子。在原代肝细胞中,对吲哚类代谢物进行的聚焦筛选显示,若干含吲哚化合物可抑制胰高血糖素刺激下的葡萄糖输出,其中IPA被确定为具有生理学相关性的候选分子。 IPA选... 吲哚-3-丙酸 糖异生 线粒体重塑 肝脏代谢 肠道微生物群 葡萄糖稳态 Read more
迈向用于配体优化的随机背景 2026年5月14日 0 134 药理学 配体优化是药物发现的核心环节,因为从初始命中化合物到治疗候选物之间,往往需要设计并合成数百个类似物。这一过程的效率尚不明确,至少部分原因在于,缺乏可用于比较优化效果的随机背景。这样的随机背景或可通过以下方式形成:对起始配体进行在合成上可及但在其他方面具有系统性随机特征的小幅取代,并测量任一单次扰动实现亲和力/效力或其他性质显著改善的可能性。 近期文献以及配体亲和力/效力数据库提示,带有轻微... 先导化合物 构效关系 药代动力学 药物发现 配体优化 Read more
小麦和燕麦胚乳中的无细胞淀粉区 2026年5月13日 0 138 植物学 游离核合胞体向伴随淀粉和蛋白质积累的细胞化胚乳组织的转变,是一个已被充分确立的现象,至少在小麦族谷类果实中如此。本文表明,这种颖果形态发生类型本身具有相当大的内在多样性。通过考察小麦、燕麦及一些野生禾草的不同类群(物种、变种和栽培品种),本研究揭示了胚乳形态发生相对于典型状态所存在的显著偏离。研究鉴定出一种新的胚乳发育模式,其特征包括若干显著特征,例如合胞体细胞化不完全,以及在无细胞胚乳区... 小麦胚乳 无细胞区 淀粉积累 燕麦胚乳 胚乳发育 Read more
白粉病真菌阻断植物液泡运输以抑制免疫 2026年5月13日 0 132 植物学 植物免疫可由定位于膜上的模式识别受体或位于胞质中的核苷酸结合亮氨酸富集重复(NLR)受体激活,同时也可被病原体分泌的效应子所拮抗。免疫反应的表现通常涉及内膜运输。然而,关于这种作用在NLR介导的免疫中的参与,目前证据仍然有限;而NLR介导的免疫通常包括超敏反应(HR)型程序性细胞死亡反应。在本研究中,我们表明,大麦白粉病真菌利用多个效应子靶向并抑制液泡运输途径,从而导致内膜标记物滞留于内质... NLR受体 效应子 植物免疫 液泡运输 白粉病真菌 超敏反应 Read more
PSI-NDH超复合体可防止低温诱导的PSI光抑制 2026年5月13日 0 152 植物学 低温胁迫会在低温敏感型黄瓜中诱导光系统I(PSI)光抑制,其中叶绿体NADH脱氢酶样复合体(NDH)活性不足会导致PSI过度还原并受损。然而,这些发现是否能够推广到其他物种,以及NDH功能受损的分子机制是什么,仍尚不清楚。在本研究中,我们首先利用一个NDH缺陷型水稻突变体,考察了在低温胁迫下NDH是否对PSI保护至关重要。与野生型植株相比,NDH缺陷突变体在低温胁迫下表现出更强的PSI过度... NDH复合体 PSI-NDH超复合体 低温胁迫 光抑制 光系统I 水稻与黄瓜 Read more
DNA双链断裂信号传导诱导异常神经元活动 2026年5月13日 0 151 神经科学 异常神经元活动是包括tau蛋白病在内的多种神经退行性疾病的早期病理特征,并被认为在疾病进展中发挥作用。然而,异常神经元活动的潜在机制仍不清楚。在此,我们揭示了DNA双链断裂(DSB)/p53通路激活与异常神经元活动之间的关系。通过诱导DSB激活作为DNA损伤应答一部分的p53,或通过阻止MDM2介导的p53降解,均可在小鼠和人类神经元中引发异常活动。p53激活诱导调控突触传递的基因表达,... DNA双链断裂 p53信号通路 tau蛋白病 异常神经元活动 神经退行性疾病 脑类器官 Read more
2025年6月至7月秘鲁小美洲鸵暴发H9N2型禽流感病毒疫情 2026年5月13日 0 129 微生物学 禽流感病毒(AIV)在美洲呈地方性流行,并导致家禽和野生鸟类暴发疫情,且偶尔会溢出感染人类。我们报道了秘鲁普诺地区小美洲鸵(Rhea pennata,亦称达尔文美洲鸵)中首例已知的AIV H9N2暴发。该研究中的动物生活在一处与外界隔离的保护中心,位于海拔4,000米以上的偏远高地。2025年6月至7月期间,共记录到92只动物中的46只发病,症状包括绿色腹泻(100%)、食欲减退(24%... H9N2禽流感 全基因组测序 宿主适应突变 小美洲鸵 系统发育分析 跨种传播 Read more