生物資訊學
作為最早分化的多細胞真核生物譜系之一，葉狀紅毛菜目（Bangiales，紅藻門）具有深遠的進化歷史，並在價值數十億美元的全球海藻水產養殖產業中發揮核心作用。儘管北大西洋代表種正逐漸成為區域海水養殖的潛在候選對象，但這些類群高質量基因組資源的匱乏阻礙了基礎研究和商業優化。為此，我們報告了兩個歐洲本土物種的首個染色體水平基因組組裝：Porphyra dioica（150.44 Mbp）和 Porphyra linearis（95.22 Mbp）。
通過整合 Oxford Nanopore Technologies（ONT）長讀長測序與 Hi-C 染色體構象捕獲技術，我們構建了高度連續的核基因組，並將其解析為 5 條染色體。通過 BRAKER3 流水線預測結構基因模型，分別在 P. dioica 和 P. linearis 中鑑定出 12,548 個和 10,382 個蛋白質編碼基因。隨後基於同源性的功能註釋分別表徵了這些預測蛋白中的 57.4% 和 59.8%。
結合環化的細胞器基因組，這些參考基因組為未來研究提供了關鍵框架，能夠支援大西洋—太平洋分化的比較研究，並促進歐洲可持續水產養殖選擇育種計劃的發展。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.725108v1?rss=1
🏷️ 紅藻 基因組組裝 染色體水平 Hi-C 水產養殖