其他
構成顱面結構的軟骨和骨，以及外周神經系統中的神經元和膠質細胞，均來源於一群具有多能性的顱神經嵴細胞。這些細胞會響應細胞內在與外在信號，從而分化為特定的細胞狀態。分化過程中的每一步均需要遺傳與表觀遺傳調控網絡共同參與，其中涉及轉錄因子、組蛋白修飾酶和染色質重塑因子。在本研究中，我們考察了斑馬魚神經嵴細胞中兩種組蛋白甲基轉移酶 Prdm3 和 Prdm16 在受精後 48 小時的直接轉錄靶標。利用 CUT&RUN 技術，我們同時檢測了其直接 DNA 結合和核小體關聯情況。
在這一發育階段，CUT&RUN 片段大小分析表明，Prdm3 和 Prdm16 主要與核小體相關聯。我們進一步分析了這些核小體峰集，鑑定出 6 個簇，在這些簇中觀察到 Prdm3 和 Prdm16 的差異性結合，以及其靶基因相關基因本體論術語富集的差異。我們在 48 hpf 採用原位雜交鏈式反應（HCR）對各簇中的基因表達進行了驗證，結果表明 prdm3 和 prdm16 突變體表現出與所鑑定的候選靶基因相對應的基因表達變化。
最後，我們在 prdm3 和 prdm16 突變斑馬魚胚胎中進行了 CUT&RUN-qPCR，結果顯示在候選靶位點處的結合減少。綜上，這些數據提示 Prdm3 和 Prdm16 主要通過結合其候選靶位點周圍的核小體來調控其轉錄靶標，從而控制下游基因表達。
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🏷️ 斑馬魚發育 顱神經嵴細胞 PRDM3/PRDM16 表觀遺傳調控 CUT&RUN 轉錄調控