神經科學
轉錄組學已經改變了我們對大腦的理解，但將轉錄組身份賦予體內記錄的神經元在大規模上仍然具有挑戰性。現有平台可以在約100個神經元的小型群體中，將轉錄組身份與雙光子鈣成像相結合，但它們要求被記錄細胞稀疏分佈，因此無法應用於大規模群體記錄。本文提出了 coppaFISH 3D，一種空間分辨轉錄組學方法，以及 CASTalign，一個計算機內（in silico）配準框架；二者結合可實現對數千個同步記錄細胞的轉錄組身份鑑定。
coppaFISH 3D 可在保持組織完整性的同時，於厚度為50μm的固定切片中檢測數百個基因，從而既能與體內成像進行三維配準，又能與免疫熒光標記相整合。該平台完全基於開放化學體系和開源軟件驅動，可在通用硬件上運行，並且每張切片的成本極低。因此，它能夠實現對記錄神經元的規模化轉錄組身份鑑定，使研究轉錄組身份如何塑造神經群體活動成為可能。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.15.725413v1?rss=1
🏷️ 空間分辨轉錄組學 神經元身份鑑定 體內成像配準 大規模群體記錄 三維組織切片