生物資訊學
確定順式調控元件（CREs）的活性對於構建基因調控模型和解釋遺傳變異至關重要。然而，現有方法往往缺乏足夠的特異性，無法將活性調控與許可性染色質區分開來；缺乏檢測不穩定增強子RNA的敏感性；或不具備對有限輸入材料和原代細胞進行譜系分析所需的可擴展性。在此，我們引入了 nucCAGE，一種用於分析核內加帽RNA的轉錄起始位點（TSS）檢測方法，以及 PRIME，一個用於從 TSS 數據中識別活性 CREs 的計算框架。
二者結合提高了對低丰度RNA的檢測敏感性，並能夠在多種情境下穩健地檢測活性調控元件。在多個相互獨立的功能和遺傳學基準測試中，包括精細定位的 eQTL、ClinVar 變異、GWAS 位點以及經 CRISPRi 測試的元件，與當前最先進的方法相比，基於 nucCAGE 的 PRIME 預測實現了更高的召回率，同時保持了對錶型相關變異的顯著富集。將 PRIME 應用於 FANTOM5 數據集，構建了一個全面的、具細胞類型分辨率的活性 CRE 圖譜，並重現了已知的組織—性狀關係。
我們展示瞭如何利用該圖譜提名潛在的因果非編碼變異，將免疫細胞增強子調控與
J.M.E. 曾接收與本研究無關的 10x Genomics 材料，並曾從 GSK plc 和 Roche Genentech 獲得演講酬金。其餘感謝您有意幫助傳播 bioRxiv 的內容。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.11.724207v1?rss=1
🏷️ 順式調控元件 轉錄起始位點 增強子RNA 基因調控 非編碼變異 計算框架