生物資訊學
新鮮冷凍組織由於能夠更好地保持蛋白質完整性，被認為是蛋白質組學分析的金標準；然而，其應用受到長期儲存所需物流條件和經濟成本的限制。福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織由於其穩定性以及在臨床環境中的廣泛可獲得性，提供了一種實用的替代方案。FFPE 蛋白質組學中的關鍵步驟是脱蠟，該過程傳統上依賴於二甲苯等有機溶劑，同時還需要有效逆轉甲醛誘導的交聯。
在本研究中，我們採用無標記數據非依賴性採集（DIA）LC-MS/MS，評估了多種 FFPE 蛋白提取與消化流程，包括變性劑法、表面活性劑法和無去污劑方法，並結合無二甲苯脱蠟策略進行比較。在所測試的方法中，一種不使用變性劑、還原劑和表面活性劑的溶液內消化流程表現出穩健的蛋白質和肽段回收能力。該流程的改良版本在保持相當蛋白質鑑定深度的同時，進一步提高了肽段覆蓋度。
我們進一步使用來自對照組、肝脂肪變性組和肝纖維化組的 FFPE 穿刺活檢樣本，評估了優化後流程的適用性。不同條件之間觀察到明顯不同的蛋白質組學模式：肝脂肪變性與應激反應通路的早期啟用相關，而肝纖維化則顯示出提示脂質代謝改變的證據。
總體而言，本研究提出了一種簡單、無二甲苯且兼容質譜分析的 FFPE 蛋白質組學流程，適用於低輸入量臨床樣本，並有望促進存檔組織在蛋白質組學研究中的更廣泛應用。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724492v1?rss=1
🏷️ FFPE蛋白質組學 無二甲苯脱蠟 DIA-LC-MS/MS 針吸活檢 樣本製備優化