植物學
來自藥用紅豆杉的RNA-seq數據集對於研究紫杉醇生物合成至關重要。然而，顯著的批次效應阻礙了跨研究數據分析。在此，我們彙編了來自三項研究、涵蓋四種組織（樹皮、葉、根、莖）的45個RNA-seq樣本，並評估了35種預處理流程，這些流程結合了六種歸一化策略和五種批次效應校正方法。採用無監督聚類方法（HCA、k-means、Grade-of-Membership），並使用Jaccard指數和調整蘭德指數進行評估，結果顯示批次效應去除效果存在顯著差異。
對組織和項目標籤進行監督分類（隨機森林以及線性/徑向SVM）表明，組織類型預測的準確性得到提高，突出了校正方法的有效性。經處理的數據促進了跨樣本189個推定ABC轉運蛋白的鑑定，其中6個與編碼10-deacetylbaccatin-III-10β-O-acetyltransferase的基因表現出強相關性，該酶是紫杉醇生物合成途徑中的關鍵酶。它們在葉和樹皮中的高表達水平進一步支援其在紫杉醇生物合成過程中參與紫杉烷中間體轉運的作用。
結構分析和分子對接進一步支援了這些候選者的篩選結果，而轉錄組排序與基於對接的優先級排序之間的一致性表明，這些轉運蛋白可能參與紫杉烷中間體的識別、轉運或外排。這些發現表明，在RNA-seq分析中，歸一化和批次效應校正對於推動紅豆杉屬物種中的基因發現，以及更廣泛地推動植物研究，具有重要意義。
📄 原文連結：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.10.723993v1?rss=1
🏷️ RNA測序整合分析 批次效應校正 ABC轉運蛋白 紫杉醇生物合成 紅豆杉屬 分子對接