生物信息学
作为最早分化的多细胞真核生物谱系之一，叶状红毛菜目（Bangiales，红藻门）具有深远的进化历史，并在价值数十亿美元的全球海藻水产养殖产业中发挥核心作用。尽管北大西洋代表种正逐渐成为区域海水养殖的潜在候选对象，但这些类群高质量基因组资源的匮乏阻碍了基础研究和商业优化。为此，我们报告了两个欧洲本土物种的首个染色体水平基因组组装：Porphyra dioica（150.44 Mbp）和 Porphyra linearis（95.22 Mbp）。
通过整合 Oxford Nanopore Technologies（ONT）长读长测序与 Hi-C 染色体构象捕获技术，我们构建了高度连续的核基因组，并将其解析为 5 条染色体。通过 BRAKER3 流水线预测结构基因模型，分别在 P. dioica 和 P. linearis 中鉴定出 12,548 个和 10,382 个蛋白质编码基因。随后基于同源性的功能注释分别表征了这些预测蛋白中的 57.4% 和 59.8%。
结合环化的细胞器基因组，这些参考基因组为未来研究提供了关键框架，能够支持大西洋—太平洋分化的比较研究，并促进欧洲可持续水产养殖选择育种计划的发展。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.725108v1?rss=1
🏷️ 红藻 基因组组装 染色体水平 Hi-C 水产养殖