生物信息学
新鲜冷冻组织由于能够更好地保持蛋白质完整性，被认为是蛋白质组学分析的金标准；然而，其应用受到长期储存所需物流条件和经济成本的限制。福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织由于其稳定性以及在临床环境中的广泛可获得性，提供了一种实用的替代方案。FFPE 蛋白质组学中的关键步骤是脱蜡，该过程传统上依赖于二甲苯等有机溶剂，同时还需要有效逆转甲醛诱导的交联。
在本研究中，我们采用无标记数据非依赖性采集（DIA）LC-MS/MS，评估了多种 FFPE 蛋白提取与消化流程，包括变性剂法、表面活性剂法和无去污剂方法，并结合无二甲苯脱蜡策略进行比较。在所测试的方法中，一种不使用变性剂、还原剂和表面活性剂的溶液内消化流程表现出稳健的蛋白质和肽段回收能力。该流程的改良版本在保持相当蛋白质鉴定深度的同时，进一步提高了肽段覆盖度。
我们进一步使用来自对照组、肝脂肪变性组和肝纤维化组的 FFPE 穿刺活检样本，评估了优化后流程的适用性。不同条件之间观察到明显不同的蛋白质组学模式：肝脂肪变性与应激反应通路的早期激活相关，而肝纤维化则显示出提示脂质代谢改变的证据。
总体而言，本研究提出了一种简单、无二甲苯且兼容质谱分析的 FFPE 蛋白质组学流程，适用于低输入量临床样本，并有望促进存档组织在蛋白质组学研究中的更广泛应用。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724492v1?rss=1
🏷️ FFPE蛋白质组学 无二甲苯脱蜡 DIA-LC-MS/MS 针吸活检 样本制备优化