神经科学
转录组学已经改变了我们对大脑的理解，但将转录组身份赋予体内记录的神经元在大规模上仍然具有挑战性。现有平台可以在约100个神经元的小型群体中，将转录组身份与双光子钙成像相结合，但它们要求被记录细胞稀疏分布，因此无法应用于大规模群体记录。本文提出了 coppaFISH 3D，一种空间分辨转录组学方法，以及 CASTalign，一个计算机内（in silico）配准框架；二者结合可实现对数千个同步记录细胞的转录组身份鉴定。
coppaFISH 3D 可在保持组织完整性的同时，于厚度为50μm的固定切片中检测数百个基因，从而既能与体内成像进行三维配准，又能与免疫荧光标记相整合。该平台完全基于开放化学体系和开源软件驱动，可在通用硬件上运行，并且每张切片的成本极低。因此，它能够实现对记录神经元的规模化转录组身份鉴定，使研究转录组身份如何塑造神经群体活动成为可能。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.15.725413v1?rss=1
🏷️ 空间分辨转录组学 神经元身份鉴定 体内成像配准 大规模群体记录 三维组织切片