胚・オルガノイド培養の研究ブログ | Adawarbler

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可吸入HUCMSC-Lipo仿生制剂抑制小鼠和非人灵长类肺纤维化模型中的成纤维细胞活化

肺纤维化（PF）是一种进行性且致命的肺部疾病，其发生由成纤维细胞异常激活和细胞外基质（ECM）过度沉积所驱动，进而导致肺部结构和功能逐渐衰退。现有疗法虽可延缓病情进展，却无法阻断纤维化重塑。在此，我们构建了一种可吸入仿生制剂 HUCMSC-Lipo，将人脐带间充质干细胞（HUCMSC）膜与人工磷脂融合，并采用贝叶斯优化（BO）框架对制剂参数进行系统优化，以确保其结构稳定性及雾化相容性。HUCMSC

胞质型和跨膜型钙蛋白酶半胱氨酸蛋白酶在线粒体细胞分裂中的核心作用假说

2026/05/14

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细胞生物学摘要钙蛋白酶构成了一个古老而庞大的钙依赖性半胱氨酸蛋白酶家族，存在于某些细菌和大多数真核生物中。它们参与多种发育和细胞过程，并与多种重大人类疾病有关；然而，它们是否具有某种共同的核心功能，从而解释其在不同类群中广泛且多样的存在，仍有待阐明。除核心的 CysPc 催化结构域外，钙蛋白酶还具有多样的结构域组合，并且既可以位于细胞质中，也可以结合于膜。本文提出假说，认为细胞质型和跨膜型钙蛋...

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一种改进的通用模式，用于复杂多检测医学昆虫学研究中高保真数据关联与样本追踪

2026/05/14

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生物信息学基于证据的疟疾媒介控制策略决策日益依赖于数据三角互证，这要求信息学系统能够整合涉及蚊虫的复杂、多阶段研究数据。本文描述了对支撑 VBDs360 平台的通用模式扩展版本的性能评估，该版本经过专门改进，以容纳涵盖野外、昆虫饲养室和实验室的多种不同昆虫学检测。通过在坦桑尼亚南部开展的一项案例研究，评估了该扩展在复杂昆虫学工作流程中实现高保真数据关联和稳健样本可追溯性方面的效用。研究人员从超...

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来源于HL-60细胞的具有修复与再生功能的未成熟中性粒细胞样群体

2026/05/14

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细胞生物学与传统的成熟中性粒细胞不同，未成熟中性粒细胞因其再生特性而受到研究关注；然而，其来源有限，因此有必要开发替代性的生成策略。在本研究中，我们采用二甲基亚砜（DMSO）与 1α,25-二羟维生素 D3（D3）联合处理，将髓系白血病（HL-60）细胞分化为未成熟中性粒细胞样细胞。分化后的细胞表现出细胞体积减小、均一性丧失、核质比降低、核呈带状、CD11b+CD14+细胞比例增加（提示未成熟...

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NovaClone：一种基于网络的条形码转基因整合克隆与亚克隆基因分型算法

2026/05/14

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生物信息学单细胞谱系追踪技术正在为研究癌症、发育及其他背景下细胞群体的演化与分化提供全新而强有力的方法。任何此类分析的一个关键初始步骤，都是基于克隆层面的标记将细胞分组为克隆群体。不幸的是，克隆判定容易受到技术因素的影响，包括测序错误、缺失数据、多重体、背景噪声，以及无关克隆之间克隆条形码的意外共享（同形性）。我们提出了 NovaClone，这是一种用于层次化克隆判定的原理严谨的算法，广泛适用于...

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古菌和单层膜细菌中F1趋化感受与古菌鞭毛系统的系统发育基因组耦联

2026/05/14

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进化生物学古菌鞭毛相关运动性一直被视为古菌所独有，然而在绿弯菌门中获得的新发现促使我们以更广阔的视角重新审视这一问题。通过分析经筛选整理的约22,000个NCBI参考基因组，以及2,397个古菌基因组和226个编码古菌鞭毛的绿弯菌门基因组，本研究系统表征了古菌鞭毛基因座与趋化感受系统（CSS）类别的共分布特征。对3,727个F1型CheA蛋白进行最大似然系统发育分析显示，存在三个主要进化支，其中...

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体内造血祖细胞中髓系分化的起始与 S 期进程相协调

2026/05/14

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细胞生物学造血过程能够大量产生多种不同的细胞类型。造血干细胞（HSC）如何在体内启动谱系分化尚不清楚。在本研究中，我们联合测量单个干细胞和祖细胞中的染色质可及性与转录组，揭示了细胞周期进程与分化起始之间的紧密相互作用。随着HSC向未定向多能祖细胞转变，细胞周期持续加速。在这些未定向祖细胞中，增殖激活之后，在S期发生髓系特异性染色质位点的开放，随后出现髓系基因表达。与S期偶联的髓系分化起始在应急性...

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MASCAF：一种用于拓扑复杂表面网格的缆线模型拟合流程

2026/05/14

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计算生物学我们提出了一种免费且开源、半自动化、具有拓扑鲁棒性的流程，用于将电缆模型拟合到神经元膜的三维表面网格形态数据，尤其适用于具有复杂形状和拓扑孔洞的结构。这项工作的动机源于在仓鸮（Tyto alba，Tyto furcata）听觉空间特异性神经元上发现的一类形态复杂的神经棘突，称为环面棘突（toric spines），其显著特征包括高曲率、高分支密度以及孔洞/环路。多隔室模拟软件要求将形...

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NF1单个氨基酸变异作为HLA I类新抗原的大规模评估

2026/05/14

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免疫学新抗原是由基因组改变产生的癌症特异性抗原。单氨基酸变异（Single Amino Acid Variants, SAAVs）构成了这类新抗原的主要类别。为了评估来源于神经纤维蛋白1（Neurofibromin 1, NF1）的SAAVs的治疗潜力——鉴于NF1在恶性脑肿瘤中经常发生突变——我们结合计算预测与实验验证，优先筛选出40个被判定为可与HLA-A*02:01结合的NF1 SAAVs...

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微生物群来源的吲哚-3-丙酸通过重塑肝脏线粒体代谢调控葡萄糖稳态

2026/05/14

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生物化学肠道微生物群产生的代谢物可循环至宿主组织，并日益被认为与代谢健康密切相关；然而，单个微生物产物调控肝脏葡萄糖代谢的机制仍未得到充分界定。在本研究中，我们鉴定出色氨酸来源的微生物代谢物吲哚-3-丙酸（IPA）是肝糖生成的直接调节因子。在原代肝细胞中，对吲哚类代谢物进行的聚焦筛选显示，若干含吲哚化合物可抑制胰高血糖素刺激下的葡萄糖输出，其中IPA被确定为具有生理学相关性的候选分子。 IPA选...

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迈向用于配体优化的随机背景

2026/05/14

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药理学配体优化是药物发现的核心环节，因为从初始命中化合物到治疗候选物之间，往往需要设计并合成数百个类似物。这一过程的效率尚不明确，至少部分原因在于，缺乏可用于比较优化效果的随机背景。这样的随机背景或可通过以下方式形成：对起始配体进行在合成上可及但在其他方面具有系统性随机特征的小幅取代，并测量任一单次扰动实现亲和力/效力或其他性质显著改善的可能性。近期文献以及配体亲和力/效力数据库提示，带有轻微...

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小麦和燕麦胚乳中的无细胞淀粉区

2026/05/13

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植物学游离核合胞体向伴随淀粉和蛋白质积累的细胞化胚乳组织的转变，是一个已被充分确立的现象，至少在小麦族谷类果实中如此。本文表明，这种颖果形态发生类型本身具有相当大的内在多样性。通过考察小麦、燕麦及一些野生禾草的不同类群（物种、变种和栽培品种），本研究揭示了胚乳形态发生相对于典型状态所存在的显著偏离。研究鉴定出一种新的胚乳发育模式，其特征包括若干显著特征，例如合胞体细胞化不完全，以及在无细胞胚乳区...

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白粉病真菌阻断植物液泡运输以抑制免疫

2026/05/13

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植物学植物免疫可由定位于膜上的模式识别受体或位于胞质中的核苷酸结合亮氨酸富集重复（NLR）受体激活，同时也可被病原体分泌的效应子所拮抗。免疫反应的表现通常涉及内膜运输。然而，关于这种作用在NLR介导的免疫中的参与，目前证据仍然有限；而NLR介导的免疫通常包括超敏反应（HR）型程序性细胞死亡反应。在本研究中，我们表明，大麦白粉病真菌利用多个效应子靶向并抑制液泡运输途径，从而导致内膜标记物滞留于内质...

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