DeSpotX：基于可识别性的空间转录组去污染方法 2026/05/15 0 203 WEC 技術展望 计算生物学 单细胞分辨率的空间转录组学（ST）能够在其原生空间背景下描绘基因表达，但相当一部分转录本会污染邻近细胞，从而损害下游生物学分析。现有去污染方法依赖启发式先验，要么忽略污染的空间结构，要么对邻居进行聚合而不区分污染与本底表达，因而使分解过程具有歧义。为解决这一歧义，我们提出 DeSpotX，这是一种深度生成模型，利用锚定基因（anchor genes）——即在给定细胞簇中本不表达的基因—... 続きを読む
强制性多细胞性规避了群体遗传学对集体层面适应的障碍 2026/05/15 0 129 WEC 技術展望 进化生物学 复杂多细胞性仅在五个谱系中进化出现过（动物、植物、褐藻、红藻和真菌），且在每一种情况下，这些生物都以克隆方式发育，并且是专性多细胞的。尽管先前研究表明，克隆发育在复杂多细胞性的进化中发挥了关键作用，但尚无研究将其与专性与兼性多细胞生活史的影响区分开来。在此，我们利用工程化雪花酵母进行实验进化研究（ 📄 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.6... 続きを読む
化学失活细菌免疫系统使温和噬菌体去驯化并促进其传播 2026/05/15 0 148 WEC 技術展望 微生物学 微生物群落塑造宿主和生态系统，然而这些微生物的行为本身又受到可移动遗传元件的控制。这些可移动遗传元件（MGE）彼此竞争并相互影响其分布。例如，许多抗噬菌体免疫系统由原噬菌体、质粒以及整合与接合元件（ICE）携带。目前尚不清楚这些干扰机制在不同可移动元件传播中的相对重要性。针对这些 MGE 间竞争机制的化学抑制剂，可以阐明其在多样环境中的作用机制和重要性。我们发现了 SpbK 的化学抑制剂... 続きを読む
谷氨酸能神经元-肿瘤突触通过放射状胶质细胞可塑性塑造人类胶质母细胞瘤细胞状态 2026/05/15 0 167 WEC 技術展望 医学 胶质母细胞瘤（GBM）是一种毁灭性的原发性脑肿瘤，具有显著的肿瘤间和肿瘤内异质性。GBM 细胞呈现出一系列类似神经发育的表型，并劫持正常的神经生理过程，其中包括与其神经元微环境的突触整合。这一过程由神经元-肿瘤突触（NTS）介导，主要涉及谷氨酸能受体，后者驱动钙离子升高，从而促进肿瘤增殖和侵袭。然而，突触信号传导与肿瘤细胞命运决定之间的确切关系在很大程度上仍未被探索。 在此，我们建立并利用一... 続きを読む
自闭症基因富集的时空分析提示皮层、丘脑和下丘脑参与其中 2026/05/15 0 148 WEC 技術展望 神经科学 自闭症谱系障碍（ASD）是一种高度遗传性的神经发育障碍。测序分析已鉴定出185个ASD相关基因，这些基因涉及神经元，但这些神经元通过哪些特定脑区影响神经发育仍不清楚。 在此，我们使用一种新框架STARMAPS（Sparse Task-specific Analysis for Revealing Molecular Associations in Particular Single-ce... 続きを読む
BiomniBench：面向真实世界生物医学研究的大语言模型智能体过程级评测 2026/05/15 0 229 WEC 技術展望 生物信息学 大型语言模型（LLM）智能体如今已能够开展真实的生物医学研究，但对其进行严格评估仍然十分困难。仅基于结果的基准评测在两个方面存在失效。首先，正确的最终答案可能源于记忆、奖励破解，或因偶然得到正确数值的错误推理。其次，仅仅因为与参考答案不同，合理的替代性分析也会被判定为错误。我们提出了 BiomniBench，这是一种过程层面的评估框架，依据由专家设计、针对具体任务的评分细则，对智能体的... 続きを読む
CYP4F2介导的1-脱氧鞘脂ω-羟化揭示了一条新的肝脏解毒途径 2026/05/15 0 213 WEC 技術展望 生物化学 1-脱氧鞘脂（1-deoxySLs）是一类非典型、具有细胞毒性的鞘脂（SL），由丝氨酸棕榈酰转移酶通过优先使用L-丙氨酸而非其经典底物L-丝氨酸生成。血浆中1-脱氧鞘脂水平升高与代谢性疾病和神经退行性疾病有关。由于缺失C1位羟基，1-脱氧鞘脂既不能转化为复杂鞘脂，也不能通过经典的鞘脂分解代谢途径被降解。然而，既往研究提示，细胞色素P450介导的1-脱氧鞘脂ω-羟化可能是一种潜在的解毒机制... 続きを読む
CD11c+髓系细胞是包皮中占主导地位的CD4+CCR5+免疫细胞群，并且在携带HIV相关阴茎厌氧菌的男性中增多 2026/05/15 0 152 WEC 技術展望 免疫学 阴茎微生物组中的特定厌氧菌种——与血清转换、炎症和免疫细胞相关的细菌（Bacteria Associated with Seroconversion, Inflammation and Immune Cells, BASIC）——已被证明与HIV-1易感性增加相关。这些细菌可直接破坏上皮完整性，并被认为会加剧局部炎症，从而导致包皮内板中易感HIV的T细胞密度增加。目前尚不清楚的是，在BAS... 続きを読む
标记重捕研究中时空保真度的种群结构偏差 2026/05/15 0 133 WEC 技術展望 生态学 关于区域之间自然种群划分的标记—重捕分析通常假设采用随机抽样，其中区域间/区域内（B/W）再观测比率会随着两个区域的种群组成部分彼此愈发隔离而趋近于零，因为在区域之间混合的个体越来越少。本文使用一个划分为两个区域的个体基础种群模型来模拟这一结果，并进一步分析标记—重捕抽样在这些区域中的时空忠诚性可能产生的影响。研究发现，如果随机抽样方案在空间和/或时间上受到限制，那么即使在一个完全混合的种... 続きを読む
抽动秽语综合征儿童和青少年达到成人运动兴奋性水平发育延迟：一项大型综合分析研究 2026/05/15 0 153 WEC 技術展望 神经科学 图雷特综合征（TS）是一种儿童期起病的神经发育障碍，其特征为发声抽动和运动抽动，并与皮层-纹状体-丘脑-皮层回路（CSTC）功能障碍相关。TS通常遵循一种发育过程，在青春期期间抽动会变得越来越容易受到控制。然而，许多个体的严重致残性抽动会持续至成年期。这表明，对于那些临床表型更为稳定的成年TS患者，与可能正在经历与抽动减轻相关的发育性神经可塑性变化的患病儿童和青少年之间，可能存在重要差异... 続きを読む
基于多个位置权重矩阵的经典机器学习提高了转录因子结合位点的基因组预测 2026/05/15 0 158 WEC 技術展望 生物信息学 研究动机：转录因子识别的 DNA 基序通常表示为位置权重矩阵（position weight matrices, PWMs），其假设单个核苷酸对蛋白质结合特异性的贡献彼此独立。过去几十年中，人们提出了许多考虑位点贡献相关性的替代模型。然而，其性能提升通常并未超过 PWM 在简洁性、可解释性以及基于成熟代码库的实际适用性方面所具有的优势。现有软件工具和基序数据库常常会针对同一转录因子，甚... 続きを読む
丙酮酸氧化过程中嵌套壳层结构协调酶间通讯 2026/05/15 0 169 WEC 技術展望 生物化学 📄 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724543v1?rss=1 🏷️ 丙酮酸脱氢酶复合体 酶间通讯 嵌套壳层结构 丙酮酸氧化 代谢酶复合体... 続きを読む