胚・オルガノイド培養の研究ブログ | Adawarbler

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可吸入HUCMSC-Lipo仿生制剂抑制小鼠和非人灵长类肺纤维化模型中的成纤维细胞活化

肺纤维化（PF）是一种进行性且致命的肺部疾病，其发生由成纤维细胞异常激活和细胞外基质（ECM）过度沉积所驱动，进而导致肺部结构和功能逐渐衰退。现有疗法虽可延缓病情进展，却无法阻断纤维化重塑。在此，我们构建了一种可吸入仿生制剂 HUCMSC-Lipo，将人脐带间充质干细胞（HUCMSC）膜与人工磷脂融合，并采用贝叶斯优化（BO）框架对制剂参数进行系统优化，以确保其结构稳定性及雾化相容性。HUCMSC

基于多个位置权重矩阵的经典机器学习提高了转录因子结合位点的基因组预测

2026/05/15

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生物信息学研究动机：转录因子识别的 DNA 基序通常表示为位置权重矩阵（position weight matrices, PWMs），其假设单个核苷酸对蛋白质结合特异性的贡献彼此独立。过去几十年中，人们提出了许多考虑位点贡献相关性的替代模型。然而，其性能提升通常并未超过 PWM 在简洁性、可解释性以及基于成熟代码库的实际适用性方面所具有的优势。现有软件工具和基序数据库常常会针对同一转录因子，甚...

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丙酮酸氧化过程中嵌套壳层结构协调酶间通讯

2026/05/15

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生物化学 📄 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724543v1?rss=1 🏷️ 丙酮酸脱氢酶复合体酶间通讯嵌套壳层结构丙酮酸氧化代谢酶复合体...

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OmniGene-4：具有路由器级可解释性的统一生物语言混合专家模型

2026/05/15

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生物信息学混合专家（Mixture-of-Experts, MoE）架构为探查大型语言模型的内部组织提供了难得的机会，但这一特性在生物学基础模型构建中尚未得到系统性利用。我们提出了 OmniGene-4，这是一种统一的生物语言基础模型，基于 Gemma-4-26B-A4B（30 层、每层 128 个专家、top-8 路由）构建，通过注入 28,028 个生物学词元（DNA 和蛋白质 BPE、F...

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用于临床相关甲醛固定石蜡包埋针吸活检样本定量蛋白质组学的无二甲苯样本制备方案的开发

2026/05/15

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生物信息学新鲜冷冻组织由于能够更好地保持蛋白质完整性，被认为是蛋白质组学分析的金标准；然而，其应用受到长期储存所需物流条件和经济成本的限制。福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织由于其稳定性以及在临床环境中的广泛可获得性，提供了一种实用的替代方案。FFPE 蛋白质组学中的关键步骤是脱蜡，该过程传统上依赖于二甲苯等有机溶剂，同时还需要有效逆转甲醛诱导的交联。在本研究中，我们采用无标记数据非依赖性采...

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致病性和非致病性溶组织内阿米巴克隆诱导的肝脏免疫反应的不同时间模式

2026/05/15

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免疫学 📄 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724513v1?rss=1 🏷️ 溶组织内阿米巴肝脏免疫反应致病性差异时间动态宿主-病原互作...

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pH诱导的蛋白质结构与水合变化

2026/05/15

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生物化学熔融球（molten globule, MG）状态是蛋白质解折叠途径中的一种中间态，通常由尿素、极端 pH、高压或加热等变性剂诱导产生。然而，这类状态的微观细节仍远未被充分理解。本文采用微观恒定 pH 分子动力学（CpHMD）模拟，并结合跨广泛 pH 范围的实验，研究了蛋白质鸡蛋清溶菌酶（Hen Egg-White Lysozyme，PDB ID: 1AKI）的 MG 状态。我们观察到，...

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共价肿瘤锚定在空间上协调抗肿瘤免疫

2026/05/15

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免疫学蛋白质免疫疗法能够诱导强有力的肿瘤清除，但可逆性靶标结合、不完全的肿瘤滞留以及全身性外渗往往会削弱其空间控制能力。在此，我们开发了共价锚定肿瘤免疫治疗蛋白（covalently anchored tumor immunotherapeutic proteins, CATIPs），这是一个模块化平台，利用近邻促进的共价化学在瘤内给药后将免疫信号固定于肿瘤细胞表面。CATIPs 将肿瘤靶向纳米...

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病原体特异性的宿主反应界定了人肺中不同的肺炎内型

2026/05/15

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医学肺炎是全球范围内感染性疾病死亡的首要原因。与其他主要疾病相比，肺炎患者的诊断与治疗仍然滞后，依赖于缺乏分子分辨率且忽视潜在内型的综合征定义。我们旨在检验这样一个假设：肺泡空间中动态的病原体特异性宿主反应代表了不同的肺炎内型，并与不同的临床特征和结局相关联。我们前瞻性纳入了一个由690例患者组成的队列（包括免疫功能低下患者），这些患者均为接受机械通气且已知或疑似肺炎患者，其肺炎病因通过对经支气...

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合成抗菌肽SET-M33对具有多样抗菌药物耐药表型的家禽分离株的体外疗效

2026/05/15

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微生物学抗微生物耐药性是一个具有重大影响的“同一健康”（One Health）问题。其驱动因素之一是在人体和动物生产体系中广泛使用抗生素；尽管家禽养殖中对抗生素使用实施了监管限制，抗微生物耐药性仍然是一个重大挑战。因此，动物面临更高风险，易患更难治疗的疾病，并作为耐药性储存库发挥作用，这凸显了开发替代性抗微生物策略的必要性。为此，抗微生物肽（AMP）因其广谱活性及较低的诱导耐药倾向而成为有前景的...

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大鼠脑内海人酸诱导癫痫持续状态后JNJ-64413739与嘌呤能P2X7受体（P2X7R）结合的时空变化

2026/05/15

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神经科学嘌呤能2X7受体（P2X7R）被认为在神经系统疾病（包括癫痫）中发挥关键作用，并且也被提出可作为神经炎症的潜在标志物。本研究旨在验证新型P2X7R放射性示踪剂［ 📄 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724505v1?rss=1 🏷️ 癫痫持续状态 P2X7受体放射性示踪剂神经炎症大鼠模型...

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珊瑚主导礁区中中性碳酸盐收支的悖论

2026/05/15

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生态学珊瑚礁通过一个复杂的三维结构提供关键服务，该结构由碳酸钙生产与侵蚀之间的平衡所维持，或称净碳酸盐收支状态。在许多热带西大西洋珊瑚礁中，生态退化已降低了碳酸盐生产，导致收支接近中性或为负。然而，一些珊瑚礁仍保持较高的珊瑚覆盖率，理论上也应具有较高的净正收支，但却往往表现出适度的碳酸盐积累。我们以墨西哥湾坎佩切浅滩（Campeche Bank）上偏远的 Cayo Arenas 珊瑚礁为研究对...

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足细胞中 ERRγ 缺失加速衰老相关肾脏疾病

2026/05/15

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医学我们近期证明，在老年小鼠中使用泛 ERR 激动剂治疗可逆转年龄相关的尿白蛋白升高、足细胞密度下降、线粒体功能受损以及炎症。然而，ERR 各个亚型的具体贡献尚未明确。由于衰老肾脏中的足细胞在 ERRα 表达降低的同时，可能出现了 ERRγ 表达代偿性升高，因此在本研究中，我们旨在确定 ERRγ 在衰老足细胞中的作用。为此，我们将 ERRγ floxed 小鼠与 podocin-Cre 小鼠杂交...

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