Blog Posts | 全胚胎旋转培养系统_WEC001-GT_Adawarbler

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基因组公平可及性框架（GEAF）：用于建模基因组疗法与再生疗法可负担性和公平性的量纲一致框架

**背景：** 基于CRISPR的基因编辑技术和干细胞来源的胚胎模型不断取得进展，在带来重大生物医学机遇的同时，也引发了显著的伦理与分配问题。截至本文撰写时，在美国获批的个体化基因组学和再生医学疗法，其标价约为220万美元（Casgevy）至425万美元（Lenmeldy），另有数种获批产品的价格介于两者之间（例如，Lyfgenia为310万美元；Hemgenix为350万美元）。由此引发的问题是...

分子观星：濒危向日葵海星（Pycnopodia helianthoides）环境DNA检测方法的开发与验证

May 12, 2026

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生态学向日葵海星（Pycnopodia helianthoides）在2013年至2017年间，由于毁灭性的由Vibrio pectenicida FHCF-3驱动的海星萎缩病（sea star wasting disease, SSWD）大流行，在其整个分布范围内经历了灾难性种群衰退，且几乎没有出现种群恢复的迹象。该顶级捕食者在其分布范围的广大区域内发生功能性灭绝，这使得识别并追踪残存完整种群...

神经元对感染恢复的调控可防止致病性应激和组织损伤

May 12, 2026

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神经科学先天免疫的神经调控正日益受到重视，然而，在病原体清除后神经系统如何控制免疫消退过程仍然知之甚少。以秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）作为一种遗传学上易于操作的模型，我们鉴定出AIA中间神经元是感染期稳态和感染后恢复的关键调控因子。在鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella enterica）感染期间，对AIA神经元进行急性沉默或遗传消融会导致宿主存活率下降，并伴随...

C57BL/6 BAC-CAG亨廷顿病小鼠表现出体细胞CAG扩增及与FVB品系相当的小干扰RNA应答

May 12, 2026

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神经科学亨廷顿病（Huntington’s disease, HD）是一种由亨廷顿蛋白（huntingtin, HTT）基因中CAG重复扩增所致的神经退行性疾病，且重复次数越长，通常与越早发病相关。体细胞CAG扩增，尤其是在纹状体中，会促进疾病进展，并受到HTT生物学特性及遗传修饰因子的影响。调控体细胞扩增正逐渐成为减缓或预防HD的一种有前景的策略，而小鼠模型在不同治疗策略的临床前测试中发挥了关...

靶向胶原的 IL-12 联合多柔比星增强对骨肉瘤的抗肿瘤作用

May 12, 2026

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医学骨肉瘤（osteosarcoma，OS）是儿童和青少年中最常见的原发性骨恶性肿瘤；然而，由于肿瘤异质性、化疗耐药性以及免疫激活不足，其治疗结局仍不理想。阿霉素（doxorubicin，Dox）作为可诱导免疫原性细胞死亡的标准治疗药物，其疗效会受到免疫抑制性肿瘤微环境（tumor microenvironment，TME）的削弱。尽管白细胞介素-12（interleukin-12，IL-12...

机制至关重要：细胞扰动效应的可迁移性

May 12, 2026

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计算生物学跨生物学背景预测细胞对遗传或化学扰动的响应，是药物开发和疾病理解的核心问题。尽管数据规模和模型规模均有所增长，深度学习模型并未持续稳定地优于简单基线方法。借助因果可迁移性理论，我们表明，跨背景泛化由共享的因果机制所支配，而不仅仅取决于分布相似性。为实现可控评估，我们开发了一个因果模拟器，能够生成具有可调机制差异的、真实感较强的半合成 Perturb-seq 数据集，从而提供具有已知真...

一种包含确定性造血微环境的人类胚胎植入后发育模型

May 12, 2026

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其他美国政府官方网站干细胞来源的胚胎模型对于推动我们对人类早期发育认识的研究至关重要。在此，我们提出了一种原肠胚形成后阶段的三维（3D）胚胎模型，该模型经过动力学成熟，以促进多谱系器官发生，并形成与卡内基分期（Carnegie stage, CS）12-CS16期人类胚胎中所见组织相当的组织。所得结构包括心肌细胞、肝细胞、内皮细胞和造血细胞，但缺乏卵黄囊。值得注意的是，我们观察到SOX17 版...

任务专用蛋白质语言模型解析翻译后修饰位点的序列语法

May 12, 2026

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生物信息学翻译后修饰（PTMs）调控蛋白质信号传导、定位、降解以及细胞决策过程，然而，在蛋白质组尺度上，区分已被修饰残基与那些在化学上具备修饰可能性但实际上未被修饰残基的序列决定因素，仍然难以解析。在此，我们考察将通用蛋白质语言模型适配于 PTM 位点预测，是否能够揭示残基水平修饰背后的生化逻辑。我们对 ESM2——一种基于数千万条具有进化多样性的蛋白质序列训练得到的蛋白质语言模型——进行了微调...

冈比亚按蚊中选择作用的基因组特征揭示了非洲种群间共享及种群特异的适应性变异

May 12, 2026

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进化生物学撒哈拉以南非洲范围内，按蚊属中的Anopheles funestus对杀虫剂产生抗性，正威胁疟疾媒介控制；然而，对于具有地理结构化特征的种群中选择作用的基因组学特征，目前仍知之甚少。我们分析了来自西非（塞内加尔、几内亚、尼日利亚）、中非（喀麦隆）和东非（肯尼亚）的635只An. funestus蚊虫的全基因组测序数据，以表征种群结构并识别近期正向选择的靶标。种群基因组学分析显示，东非...

通过单细胞空间转录组学结合单细胞RNA测序富集解析小鼠角膜上皮特化与稳态维持

May 12, 2026

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细胞生物学研究角膜上皮细胞特异化与稳态维持所依赖的基因调控程序，对于理解角膜如何维持视觉功能至关重要。本文描述了采用真正单细胞分辨率的空间转录组学（ST），并结合全组织单细胞RNA测序（SC）进行富集，从而提高空间分辨率，并使细胞簇规模最多提升65倍、单细胞转录组深度最多提升17倍。由此得以在从角膜缘干细胞（LSC）到角膜表层上皮的完整分化轨迹上实现细胞类型特异化解析，并鉴定出一个活化特征标志...

通过高度近缘的恶性疟原虫基因组中的从头突变追踪疟疾寄生虫谱系

May 12, 2026

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遗传学在疟疾传播下降的地区，残余感染越来越多地表现为低密度且无症状，从而形成一个持续存在、难以通过传统流行病学方法追踪的储存库。然而，这类社区层面感染的基因组数据仍然稀缺，限制了在消除前阶段追踪寄生虫谱系、检测克隆扩增以及识别持续性慢性感染的能力。本文分析了来自冈比亚一小片区域内社区感染的78个单基因型恶性疟原虫基因组序列，该地区近几十年来疟疾传播已显著下降。两两同祖遗传片段共享（identi...

无需配体-受体数据库，从空间转录组学中识别情境特异性的细胞-细胞相互作用基因

May 12, 2026

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生物信息学当前用于推断细胞—细胞相互作用（cell-cell interactions, CCIs）的方法，在很大程度上受限于预定义的配体—受体数据库，尤其是在诸如 Visium 这类低分辨率空间转录组学（spatial transcriptomics, ST）平台中更是如此。由于在较粗空间分辨率下难以准确解析发生相互作用的细胞，其他相互作用模式常常被忽视。然而，低分辨率 ST 数据可作为高分...

OPA1的替代性细胞器靶向介导脂滴中脂肪酸的释放

May 12, 2026

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细胞生物学线粒体与脂滴（LDs）在功能上相互耦联，以协调脂肪酸的利用与储存。然而，目前对于线粒体-脂滴联合体的全面认识仍然有限。我们鉴定出线粒体融合因子视神经萎缩蛋白1（OPA1）在调控脂滴脂肪酸释放中的一种此前未被认识的作用。我们证明，OPA1的第4外显子通过形成一段两亲性α螺旋，将OPA1靶向至脂滴。定位于脂滴的OPA1通过促进脂肪酶向脂滴募集来增强脂肪酸释放。此外，OPA1在线粒体上的驻留...

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